昆明海關(guān)前身為蒙自關(guān)，于1889年8月開關(guān)，1942年蒙自、騰越兩關(guān)合并，始稱昆明關(guān)。1980年體制改革，昆明關(guān)更名為昆明海關(guān)，是首批批準(zhǔn)升格的9個局級關(guān)之一。目前，昆明海關(guān)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)21個（含緝私局），下設(shè)隸屬海關(guān)單位31個（含風(fēng)險防控分局）、派駐紀(jì)檢組15個、19個事業(yè)單位和9個緝私分局，機(jī)構(gòu)設(shè)置基本與云南對外開放格局相適應(yīng)。關(guān)區(qū)現(xiàn)有干部職工2340余人（包括緝私警察330余人）。轄區(qū)共有口岸25個，海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域2個，保稅監(jiān)管場所15個(2個保稅物流園區(qū)中心B型、3個出口監(jiān)管倉、10個保稅倉庫)。