南通市氣象局為正處級單位，負責管理南通所轄海安、如皋、如東、海門、啟東、通州6縣(市)、區(qū)氣象局和呂泗國家基準氣候站。南通是我國近代氣象事業(yè)的發(fā)祥地。光緒三十二年，我國著名實業(yè)家、教育家,中國氣象學會第一、二屆名譽會長張謇創(chuàng)辦了“南通博物苑測候室”，1917年建成“軍山氣象臺”。軍山氣象臺是國人自辦近代氣象事業(yè)的開始,被稱為“中國私家氣象臺之鼻祖”。1949年5月1日，南通恢復測候工作。負責本行政區(qū)域內氣象事業(yè)發(fā)展規(guī)劃、計劃的制定及氣象業(yè)務建設的組織實施；對本行政區(qū)域內的氣象活動進行指導、監(jiān)督和行業(yè)管理；負責本行政區(qū)域內的氣象臺站和氣象設施的審查、組織建設和維護管理；組織管理本行政區(qū)域內氣象探測資料的采集、匯總、傳輸；依法保護氣象探測環(huán)境；負責本行政區(qū)域內的氣象監(jiān)測、預報和公共氣象服務管理工作，及時提出氣象災害防御措施，并對重大氣象災害進行評估，為本級人民政府組織防御氣象災害提供決策依據；管理本行政區(qū)域內公眾氣象預報、災害性天氣警報以及農業(yè)氣象預報、城市環(huán)境氣象預報、海洋氣象預報、火險氣象等級預報等專業(yè)氣象預報的發(fā)布；管理、制定人工影響天氣作業(yè)方案，在本級人民政府的領導和協(xié)調下指導和組織人工影響天氣作業(yè)，指導縣級人工影響天氣作業(yè)；組織管理雷電災害防御工作，會同有關部門指導對可能遭受襲擊的建筑物、構筑物和其它設施安裝的雷電災害防護裝置的檢測工作；負責向本級人民政府和同級有關部門提出利用、保護氣候資源和推廣應用氣候資源區(qū)劃等成果的建議；組織對氣候資源開發(fā)利用項目進行氣候可行性論證；組織開展法制宣傳教育，負責監(jiān)督有關氣象法規(guī)的實施，對違反《中華人民共和國氣象法》有關規(guī)定的行為依法進行處罰，承擔有關行政復議和行政訴訟；統(tǒng)一領導和管理本行政區(qū)域內氣象部門的計劃財務、人事勞動、科研和培訓以及業(yè)務建設等工作；會同縣（市）人民政府對縣（市）氣象主管機構實施以部門為主的雙重管理；會同地方黨委和人民政府做好當?shù)貧庀蟛块T的精神文明建設和思想政治工作；承擔省氣象局和南通市人民政府交辦的其它事項。